No mesmo ano da ordenação, inspirado pelo exemplo de São Francisco, ingressou na Ordem dos Franciscanos, assumindo, finalmente, o nome de Antônio. Após o ingresso nos Franciscanos, foi o cozinheiro do convento, dedicando-se a uma vida de silêncio e humildade. Já nesse período, Frei Antônio era referência de caridade, doando alimentos e auxiliando os mais pobres. Seu grande sonho era partir em missão para o continente Africano. Chegou a iniciar tal viagem, mas foi acometido por uma doença durante o percurso. Porém, não retornou para Portugal, mas para a Itália. E assim, pela providência Divina, Santo Antônio conheceu São Francisco no capítulo da ordem.

Após retornar ao convento, recebeu do próprio São Francisco uma importante missão: ensinar teologia para seus confrades. Tornou-se referência doutrinária em um momento de grande confusão teológica, em que várias teorias heréticas se popularizavam. Em 1229 foi enviado para Pádua, de onde sua fama se espalhou ainda mais. Frei Antônio defendeu os pobres contra a exploração dos patrões e contra os maus tratos de invasores.